开幕式上，浙江省科协党组成员、副主席武传宇出席会议并致辞，武主席代表浙江省科协向会议举行表示热烈的祝贺，并衷心希望学会加快构建普及生信领域科学知识、培养创新人才、促进科技成果转化组织体系，为提升浙江省及全国自主创新能力、推动学会建设而努力奋斗。中国生物信息学学会（筹）理事长孙之荣教授发来贺信，孙理事长代表中国生物信息学学会总部筹建核心组，向浙江省生物信息学学会成立10周年表示热烈祝贺，并希望大家团结奋斗，共同迎接生物信息学春天的到来。会议承办地杭州医药港管委会副主任周永存也应邀参加，并对各位专家和来宾的到来表示热烈欢迎。开幕式由第二届浙江省生物信息学学会理事长陈铭教授主持。
本次年会同时也举行了浙江省生物信息学学会第三届换届大会，并召开了第三届一次会员代表大会。省科协学会部副部长罗凯宣读学会换届批复文件。会议审议了第二届浙江省生物信息学学会工作报告、财务报告，通过了学会章程修定案、会费收取标准及缴纳办法草案，选举产生了第三届学会理事会、秘书处和监事会，包括1位理事长、5位副理事长、1位秘书长、20位常务理事、52位理事、1位常务副秘书长、2位副秘书长、1位监事长、3位副监事长和3位监事。浙江大学陈铭教授当选为第三届浙江省生物信息学学会理事长，浙江大学朱峰教授、李飞教授、浙江农林大学刘庆坡教授、温州医科大学苏建忠教授、宁波大学廖奇教授当选为副理事长，浙江工业大学张贵军教授当选为秘书长。在新一届理事长讲话中，陈理事长回顾梳理了过去10年来浙江省生物信息学学会的发展历程以及取得的成绩，并对未来浙江省生物信息学学会的发展趋势进行了展望。第三届换届大会由学会秘书长张贵军教授主持。
大会还举行了学术交流大会，学术交流大会主要分为三个环节，会上大家展开了充分的交流和讨论，现场气氛活跃。上午，宁波东方理工大学黄德双教授应邀作主题报告，介绍了基于深度学习对生物模序挖掘的最新成果；特邀报告专家浙江大学李飞教授分享了鳞翅目昆虫染色体进化分析的研究。随后浙江大学徐建红教授作基于高通量测序数据的转座子的鉴定与应用的报告，会议承办方杭州隧真生物技术有限公司总经理赵怀作中国分子诊断产业现状分析及趋势探讨的报告，介绍了目前分子诊断产业的概况和最新行业趋势。第一环节交流会由宁波大学廖奇教授和温州医科大学苏建忠教授主持。
下午，浙江大学朱峰教授和温州医科大学苏建忠教授作特邀报告，分别介绍了人工智能（AI）辅助的药物靶标发现和单细胞多组学分析挖掘肿瘤免疫应答新靶点的最新研究成果。宁波大学倪锋研究员介绍了活细胞药物靶点组学大数据的自动化采集，浙江省农科院罗洁研究员介绍了基于多模态数据的关键表型遗传调控网络研究。该环节交流会由浙江大学李飞教授和杭州隧真生物技术有限公司总经理赵怀主持。
接下来，浙江大学周展教授围绕基于多组学数据的癌症驱动因素识别与临床应用、浙江农林大学肖力宏教授针对碧根果高质量参考基因组与抗真菌病害候选关键基因挖掘、宁波大学附属第一医院俞秀冲教授聚焦tRNA来源片段的调节网络研究、浙江工业大学周晓根教授围绕基于冷冻电镜数据的蛋白质结构建模分别作了主旨报告。该环节交流会由浙江大学徐建红教授和浙江大学朱锋教授主持。
本次年会同时举办了青年报告论坛，浙江大学医学院附属第一医院张育炜和胡博强、温州医科大学附属眼视光医院袁健、浙江农林大学叶昕海、温州医科大学李晶晶、浙江大学医学院附属邵逸夫医院刘艺、西湖大学张文艺、浙江工业大学夏瑜豪等8位青年博士作分享报告，会上展开了热烈的交流和讨论，为将来进一步合作奠定了良好的基础。
大会期间，学会召开了第二届五次理事会会议。会上秘书长张贵军教授介绍了秘书处前期关于换届的筹备情况，换届大会的流程及候选理事名单，并阐述了此次换届大会的重要意义。陈铭理事长在理事会上提出，学会走过10年的光景，从创立之初的几十人到如今拥有10余个专委会，已形成一定的规模，并走在国内同领域学会的前列，虽然取得了长足的发展和进步，但要实现高质量发展尚有距离，未来需要学会所有理事共同努力，朝着更大的目标前进奋斗。
同时，学会还召开了专委会秘书长会议。各专委会秘书长介绍了2023年工作情况及2024年下一步的工作计划。陈铭理事长对各专委会未来的发展作指导讲话，希望各专委会能充分发挥专委会的专长，开展学术交流，科普等活动，为浙江省的科创建设贡献力量。
闭幕式上，学会对2023年度成果奖励进行了颁奖，经过学会奖励委员会前期的评审，产生了学会科技进步特等奖1项（第一完成人：杭州微数有限科技公司陈欢研究员），自然科学一等奖1项（第一完成人：浙江大学李飞教授）和优秀博士学位论文奖1项（浙江工业大学刘俊博士，指导老师：张贵军）。
同时举行了2023年度先进集体颁奖仪式，基于对学会组织建设、团队发展、对外宣传与服务等各方面的优异表现，经理事会讨论通过，杭州隧真生物技术有限公司赵怀团队、湖州师范学院邵朝纲团队、浙江工业大学张贵军团队、温州医科大学苏建忠团队等四个团队授予学会2023年度先进集体，陈铭理事长为四个团队负责人颁发了奖状。最后，陈铭理事长作本次年会总结，他表示本次大会举行取得圆满成功，并期待明年年会再次相聚。闭幕式由秘书长张贵军教授主持。